Dans une cité prospère, le rejet d'objets est une habitude commune pour ses habitants. Pourtant, pour Rudo, qui habite les bidonvilles, ces déchets possèdent une valeur. Dédaignant les mises en garde répétées de son père adoptif Regto, Rudo fouille sans cesse à la recherche d'articles réutilisables abandonnés dans l'immense centre d'élimination nommé le Pit. En raison de son ampleur, le Pit sert également de méthode de punition criminelle : quiconque y est précipité n'en revient jamais.
Lorsque Regto est assassiné par un agresseur inconnu, Rudo est faussement accusé du meurtre et jeté dans le Pit. Il se réveille au milieu de montagnes d'ordures, face à des monstres géants nés des déchets. Entre l'air empoisonné et les Trash Beasts qui le poussent vers la mort, Rudo est sauvé par Enjin, un membre des Cleaners utilisant des armes appelées Vital Instruments pour combattre ces créatures. Après avoir obtenu son propre Vital Instrument, Rudo décide de rejoindre les Cleaners, espérant trouver un moyen de sortir du Pit et de venger son père.