Mamoru Suzuhara, un lycéen introverti, passe son temps libre à lire sur la guerre moderne. Lorsqu'il apprend que son amour secret, Aya Chiyono, doit déménager contre son gré avec sa famille la semaine suivante, il trouve le courage de lui demander de s'enfuir avec lui. Ainsi, Mamoru, Aya et quatre de leurs camarades de classe se rendent à l'ancienne usine de charbon Satomi, abandonnée, et y campent. Après avoir profité de leur première journée, ils réalisent avec stupeur qu'ils ne sont peut-être pas seuls dans l'usine.
Bokura no Nanokakan Sensou, basé sur le roman du même nom, est une histoire d'apprentissage sur un acte de rébellion qui se transforme en une guerre à grande échelle contre les adultes. Pendant ce temps, les enfants luttent pour s'ouvrir sur leurs sentiments et protéger ce qui leur est cher.
