En 2006, le Lycée d'Exorcisme de Tokyo est le théâtre de vifs débats entre deux meilleurs amis inséparables. Satoru Gojou et Suguru Getou, deux exorcistes de grade spécial regorgeant de confiance, sont convaincus que nul défi ne les effraie. On leur confie la mission de protéger Riko Amanai, une jeune fille calme, jusqu'à l'entité qui constitue le pilier même du monde de l'exorcisme. Pourtant, cette tâche les entraîne dans un tourbillon de dilemmes moraux susceptibles de fissurer la paix déjà précaire entre exorcistes et humains ordinaires.
Douze ans plus tard, étudiants et exorcistes forment la première ligne de défense face à une vague de malédictions de haut niveau engendrées par la négativité humaine. À mesure que ces entités gagnent en puissance, leur conscience et leur ambition ne font qu'augmenter. Unissant leurs forces sous le commandement d'un ancien esprit maudit dangereux, elles visent à anéantir l'humanité pour instaurer un monde peuplé uniquement d'utilisateurs d'énergie maudite. Pour éliminer leur plus grand obstacle, Gojou, le sorcier le plus puissant, elles orchestrent une attaque massive à la gare de Shibuya le jour d'Halloween. Se divisant en équipes, les exorcistes se jettent dans la mêlée, prêts à sacrifier tout ce qu'ils ont pour protéger les innocents et leurs proches.