Adapté du manga shounen d'Akamatsu Ken publié dans le Shounen Magazine, cette histoire tourne autour de Negi Springfield, un enfant de dix ans originaire du Pays de Galles qui pratique la magie et aspire à suivre les traces de son père absent en devenant un Magister Magi—un type unique de mage qui aide les gens ordinaires, dissimulant souvent son travail sous forme d'aide humanitaire via des ONG. Initialement placé comme professeur d'anglais à l'Académie Mahora au Japon, Negi se voit attribuer une classe de collège composée de 31 filles, toutes plus âgées que lui. Cependant, la vie scolaire paisible est bientôt perturbée lorsque des individus liés au passé de son père apparaissent, et Negi est contraint de conclure des contrats magiques avec plusieurs de ses élèves pour faire face aux menaces émergentes. Avec le temps, il part avec ses compagnons pour le Magic World à la recherche de son père disparu depuis longtemps. Ce film marque la fin du voyage dépeint dans les OVA Shiroki Tsubasa Ala Alba et Mou Hitotso no Sekai.
