Yagi Takeru vit sous le toit de la famille Touma depuis la perte de ses parents, élevé par le chef de famille, Touma Rokunosuke. Ses journées sont remplies par la compagnie de Yamato Takeshi, son meilleur ami et rival du club de kendo, des sœurs Shiratori Kotono et Asuka, et d'Oosu Seri, qu'il connaît depuis l'enfance. La vie semble paisible jusqu'au jour où un tremblement de terre frappe l'école, bouleversant tout. Lorsque Takeru reprend connaissance, il découvre que l'école est tombée en ruine, comme si elle avait été abandonnée depuis des siècles. Il réalise que tous les professeurs et les étudiants ont disparu. Il retrouve Seri et Asuka, et ils fuient les ruines, pour découvrir que la ville qu'ils connaissaient est complètement déserte. Alors, des personnages enveloppés de capes apparaissent devant eux, leur apprenant qu'ils ont été transportés dans un autre monde.