Les souvenirs du lycée, qu'ils soient agréables ou sombres, sont une expérience universelle. Cependant, dans un lycée en particulier, une tragédie jette une ombre sur ces réminiscences : la mort atroce d'une élève. La victime est Tomie Kawakami, une fille populaire dotée d'une beauté quasi surnaturelle. Son corps a été démembré et ses restes dispersés. Alors que la classe tente de digérer l'horreur, elle est stupéfaite par une voix familière venant de l'entrée, qui s'excuse d'être en retard. Avec des cheveux de jais et un grain de beauté sous l'œil gauche, la nouvelle venue ressemble trait pour trait à leur camarade de classe décédée. Pourtant, cela ne peut pas être Tomie, n'est-ce pas ?