Des années après que l'IA consciente Skynet a pris le contrôle mondial en 2022, la résistance humaine poursuit sa lutte contre les machines. Après une escarmouche brutale, Eiko, une combattante de la guérilla japonaise, piège un Terminator, le cyborg assassin d'élite de Skynet. Elle recueille des renseignements vitaux sur ses objectifs, permettant à la résistance de l'envoyer dans le passé pour modifier le cours de l'histoire.
En août 1997, à quelques jours de l'attaque nucléaire imminente connue sous le nom de Jugement Dernier, Malcolm Lee développe Kokoro, une IA avancée destinée à protéger l'humanité. Alors que la date de destruction approche, un Terminator se rend au Japon pour éliminer Malcolm et ses enfants avant que Kokoro n'atteigne la conscience de soi. Malcolm doit s'assurer que son invention ne dévie pas de son objectif et n'aboutisse pas à la même conclusion fatale que Skynet concernant l'extinction humaine.
