L'histoire d'Ark se déroule sur un monde alien mourant où un conflit global entre deux factions humaines technologiquement avancées a réduit la planète en un désert stérile. Le seul moyen de s'échapper de ce monde est d'activer l'Ark, un robot colossal antique capable de soutenir une cité humaine et de voyager à travers l'espace.
