Il y a un demi-siècle, des êtres terrifiants appelés les « ennemis de l'humanité » sont apparus dans le monde entier. En réponse, de jeunes gens dotés de capacités surnaturelles appelées « Talents » — comme la pyrokinésie et le voyage dans le temps — s'entraînent sur une académie isolée sur une île pour les combattre. Nanao Nakajima se distingue de ses camarades parce qu'il n'a aucun Talent. Bien qu'il soit souvent victime d'intimidation de la part de ses pairs doués, il continue de s'entraîner. La situation change lorsque deux nouveaux élèves arrivent : l'énigmatique Kyouya Onodera et Nana Hiiragi, qui peut lire dans les esprits. Alors que le groupe commence à créer des liens en tant que nakama, d'étranges disparitions se produisent, menaçant la stabilité même de leur classe.
