Shin Hazama s'est fermé émotionnellement après la mort mystérieuse et soudaine de sa mère durant son enfance. Avec son père scientifique absorbé dans ses recherches, son seul soutien est son amie d'enfance Kotori Izumi, la fille joyeuse et au cœur tendre de l'employeur de son père. Alors que leur troisième année de lycée touche à sa fin et que la graduation approche, Shin et Kotori commencent enfin à avancer ensemble, tant dans la vie que dans l'amour.
Cette fragile stabilité se brise lorsque le père de Shin meurt également de manière inattendue. Avant qu'ils ne puissent digérer cette perte, Shin et Kotori découvrent la vérité derrière la mort de ses parents après avoir rencontré des agents d'un Japon dystopique high-tech qui existe dans un univers parallèle. Parmi eux se trouve Jin, le « soi relatif » de Shin, qui combat les armes humanoïdes Miko et Niko. Parce que les vies des soi relatifs sont connectées, Jin a deux objectifs : protéger le vulnérable Shin pour sauvegarder leurs deux existences, et tuer Kotori pour briser la règle de fer de son soi relatif, la princesse Kotoko — son ennemi juré et celle qui a assassiné ses parents. Face à cette nouvelle réalité, Shin et Kotori doivent confronter leurs véritables sentiments l'un pour l'autre, même si leur monde est destiné à finir demain.
