Cette année, la classe d'école primaire de Sakura Kinomoto prépare une pièce de théâtre pour le festival Nadeshiko. Elle est choisie pour jouer une princesse qui peine à répondre à la déclaration d'amour d'un prince d'un royaume voisin. Sakura se reconnaît profondément dans son rôle, car elle-même n'a pas encore donné de réponse au garçon qui lui a avoué son amour quatre mois plus tôt.
Lorsque les cousins Shaoran et Meiling Li débarquent de Hong Kong pour une visite surprise à leurs amis au Japon, Sakura trouve plus d'encouragement pour enfin avouer ses sentiments. Pourtant, elle est sans cesse distraite par une présence qui ressemble à une Carte de Clow, ainsi que par d'étranges disparitions dans la ville.
Finalement, Sakura découvre une autre création de Clow Reed—le « Néant »—qui a été scellée autrefois sous l'ancienne maison du magicien. Il possède un pouvoir égal à celui des 52 cartes que Sakura possède, et il cherche à lui prendre ces cartes ! À chaque carte volée, des objets, de l'espace et des personnes disparaissent de Tomoeda. Sakura se lance à la capture du Néant pour que tout redevienne normal, mais que devra-t-elle abandonner en chemin ?