Il y a trois décennies, l'arrivée soudaine d'envahisseurs extraterrestres mystérieux a failli causer l'extinction de l'humanité.
Depuis lors, les humains et ces créatures, appelées Invasion Species, se battent pour le contrôle de l'espace vital. Bien qu'un niveau de sécurité fragile soit maintenu, le monde lui-même est toujours au bord de la ruine. Même si la menace constante de mort et de destruction plane, les gens essaient de vivre leur vie normale en faisant comme si le danger autour d'eux n'existait pas. En réaction, les Nations Unies organisent l'EXCEEDS, une agence chargée d'enquêter et de faire face aux menaces provenant des Invasion Species.
L'histoire se déroule dans la nation insulaire d'Extrême-Orient, Mizuho, où une jeune chasseuse nommée Shiina Kuze vit sur une île isolée, exterminant les organismes invasifs. Tout ce qu'elle souhaite, c'est une vie paisible avec sa seule famille restante — sa petite sœur, Setsuna. Mais ses jours ordinaires sont brisés lorsqu'un événement inattendu se produit, l'entraînant dans un conflit bien plus vaste.
