Les ninjas étaient autrefois des demi-dieux impitoyables qui régnaient sur le Japon grâce à leurs arts martiaux pendant une ère de tranquillité. Cependant, une poignée d'entre eux pratiqua un hara-kiri interdit, stockant leurs âmes au temple de Kinkaku pour ressusciter plus tard. Leur histoire fut falsifiée, et la vérité sur ces ninjas sombra dans l'oubli. Dans le futur, où la technologie cybernétique et les réseaux électroniques règnent en maîtres, d'inquiétantes âmes de ninjas ressuscitées depuis des millénaires sont déchaînées dans les ombres obscures de Neo-Saitama. Fujikido Kenji, un salaryman, perd sa femme et son enfant dans une guerre de territoire ninja. Faisant face à sa propre mort, il est possédé par une âme ninja énigmatique. Ayant survécu à cette rencontre, Fujikido devient Ninja Slayer, un faucheur dédié à éradiquer les ninjas maléfiques et à assouvir une vengeance personnelle. Se déroulant dans les bas-fonds dystopiques de Neo-Saitama, Ninja Slayer s'engage dans des combats mortels contre les ninjas du syndicat Soukai.
