Après une fin tragique, Kiritsugu Emiya confie à Shirou Emiya la mission de sauver l'humanité. Le monde est au bord de l'effondrement, et le temps presse. Cependant, lorsque le salut que Shirou recherche exige le sacrifice de son unique famille restante — sa sœur cadette — trouvera-t-il la détermination d'accomplir ce devoir ?
Shirou doit désormais faire un choix crucial : continuer à poursuivre son idéal d'être un héros de la justice, ou devenir le mal même que cet idéal avait juré de détruire. De nouveau seul en tant qu'orphelin, son corps reste forgé d'épées. La cinquième guerre du Saint-Graal commence par son vœu fait dans la neige.
