Le conflit contre les forces des ténèbres touche à sa fin, le Roi des Morts Leonis Death Magnus étant le dernier Seigneur des Ténèbres survivant. Réalisant qu'il ne peut vaincre ses ennemis seul, Leonis se scelle profondément sous terre, prévoyant de se réincarner après mille ans et de reconstruire ses légions démoniaques.
Mais au cours de ce millénaire, le monde s'est totalement transformé. La grande guerre qui a causé la chute de Leonis n'est plus dans les mémoires ; à la place, l'humanité fait face à une nouvelle menace : des êtres monstrueux appelés Voids. La magie a été remplacée par des dispositifs technologiques, et les individus aux capacités spéciales — canalisées par des armes connues sous le nom d'Épées Sacrées — s'entraînent à l'Académie Excalibur pour combattre les Voids.
Réincarné en un garçon humain de dix ans, Leonis rencontre Riselia Ray Crystalia, une jeune fille dévouée qui découvre les ruines de sa chambre d'hibernation. Supposant que Leonis souffre d'amnésie, Riselia le prend sous son aile et l'inscrit à l'Académie Excalibur. Bien que Leonis nourrisse encore des projets de conquête du monde, il doit d'abord s'adapter à une réalité totalement étrangère à tout ce qu'il a connu.
