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Dans un monde où les Pokémon coexistent et communiquent, des artefacts légendaires appelés Time Gears préservent le flux du temps dans leurs régions respectives. Retirer un Time Gear de son emplacement fige le temps dans cette zone, de sorte que même les Pokémon malveillants évitent de les voler. Récemment, cependant, des anomalies temporelles se sont répandues à travers le monde, provoquant l'apparition de Mystery Dungeons et rendant les Pokémon violents. Des équipes d'exploration composées de Pokémon se sont formées pour enquêter sur ces donjons, capturer les Pokémon agressifs et rétablir l'ordre. Les perturbations temporelles ne sont pas dues au récent vol des Time Gears, mais plutôt à l'effondrement progressif de la Tour Temporelle et à la transformation de Dialga en Dark Dialga. Juptile, célèbre pour ses vols, a dérobé les Time Gears pour les apporter à la Tour Temporelle et stopper sa dégradation. L'équipe d'exploration Team Pokédans, composée de Hikozaru et d'un Pochama autrefois humain, doit s'allier à Juptile pour se rendre à la Terre Fantôme où se dresse la Tour Temporelle. Si le trio échoue, la tour s'effondrera complètement, laissant le monde entier figé dans le temps à jamais.

Dans un monde peuplé uniquement de Pokémon, un Hikozaru rêve de rejoindre la Guilde Pukurin, une vaste installation où les équipes d'exploration se rassemblent et travaillent. Submergé par la force apparente des membres de la guilde et la sécurité stricte, Hikozaru s'enfuit, trébuchant sur un Pochama inconscient lors de sa fuite. Quand Pochama se réveille, il est choqué de trouver un Hikozaru qui parle et encore plus stupéfait par sa propre appearance — car Pochama sait qu'il était autrefois un humain ! Sans aucun souvenir si ce n'est son ancienne humanité et d'innombrables questions sur son nouveau corps, Hikozaru suggère de demander de l'aide au chef de la guilde. Bien que Guildmaster Pukurin ne puisse pas expliquer la transformation de Pochama, il décide de former une équipe d'exploration avec Pochama et Hikozaru, que Hikozaru nomme Pokédans. Pour leur première mission, le duo doit obtenir une Écaille de Gabite en s'aventurant dans Labyrinth Cave aux côtés de Kimawari !

Un dessin animé trouvé dans le jeu Pokémon Channel, cet anime d'une demi-heure est divisé en cinq courts segments mettant en scène les Pichu Bros. Meowth organise une fête à laquelle les frères Pichu et leurs amis ne sont pas initialement invités. Après une série d'événements, ils découvrent que des invitations ont bien été envoyées — elles sont simplement arrivées en retard. Les frères et amis assistent alors à la fête de Meowth et l'écoutent chanter. La série se compose de cinq épisodes, chacun accessible sur une chaîne différente.

Un jour, un humain se réveille et découvre qu'il s'est transformé en Squirtle, vivant dans un monde ravagé par des catastrophes naturelles. Là, il rencontre Charmander et Chikorita, membres de l'équipe de secours Pokémon Team Go-Getters. Squirtle rejoint l'équipe pour une mission : sauver Pikachu, le frère de Pichu, des griffes de Skarmory, mais Gengar et son Team Meanies décident de se mettre en travers du chemin.