Il est extrêmement rare qu'une fille naisse en portant deux âmes séparées — l'une humaine et l'autre kaiju. Ces individus rares, appelés « Kaiju Girls », apparaissent comme des humains ordinaires mais possèdent les capacités surnaturelles de monstres géants. Pour aider ces Kaiju Girls à gérer leurs capacités et à s'intégrer dans la société, l'Organisation Internationale de Sauvetage et de Mentorat des Kaiju — abrégée en GIRLS — a été créée.
Récemment, trois jeunes femmes ont subi l'éveil de leurs moitiés kaiju. La timide Aki Miyashita gagne l'âme d'Agira, la sérieuse Reika Shiragane hérite de Windom, et l'énergique Miku Ushimaru reçoit Miclas. Les trois rejoignent l'organisation GIRLS, où chacune apprend à maîtriser ses pouvoirs et à contrôler ses pulsions monstrueuses. Avec les encouragements de leur entourage, Agira, Windom et Miclas comprennent chacun ce que signifie vraiment être une Kaiju Girl.
