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Les trois frères apprennent que l'expérience humaine, interdite après la destruction de l'« Orochi », est toujours secrètement en cours pour ressusciter le serpent maléfique. Ils découvrent également que d'anciens membres du Yamainu, l'unité militaire japonaise créée pour éliminer le serpent, sont derrière ce complot. Les frères se réunissent pour combattre ensemble dans une bataille contre l'armée.

Le clan ninja Fuuma est une tribu secrète qui attend la résurrection de l'Orochi (un serpent géant) depuis des générations. Shirasu et son frère jumeau Ichiu ont été élevés dans cet environnement hostile, et leur parcours pour devenir les chefs du clan est dépeint ici.

Un an s'est écoulé depuis la grande bataille contre le serpent géant connu sous le nom d'Orochi. Tenka, paralysé par le combat final et ayant participé à une expérience humaine du gouvernement avant cela, s'est retiré de la société. Mais ses jeunes frères, Soramaru et Chuutaro, découvrent la vérité cachée sur le passé de leur frère aîné.