Dans quelques décennies, l'humanité fait face à une menace implacable venue d'une espèce extraterrestre appelée les Novas. Partout où ils apparaissent, ces créatures inhumaines laissent destruction sur leur passage, et les batailles pour les repousser sont connues sous le nom de Nova Clashes. Pour riposter, des jeunes femmes — surnommées « Pandoras » — et des jeunes hommes — appelés « Limiters » — se voient implantés des stigmates leur conférant des capacités surhumaines. Ils s'entraînent dans des académies militaires, apprenant à coopérer si l'humanité espère survivre.
Freezing suit Kazuya Aoi lors de son premier jour à l'académie militaire West Genetics, qui coïncide avec un battle royale de Pandoras. Là, il prend Satellizer el Bridget — une redoutable Pandora connue sous le nom de « Reine Intouchable » — pour sa sœur décédée et l'étreint. Bien que son action lui coûte le match, elle découvre que son contact ne la repousse pas et décide de le prendre comme son Limiter. Reste à savoir si leur partenariat pourra résister aux intrigues de leurs camarades plus âgés et au conflit imminent avec les Novas.
