La majorité des gens rejettent l'existence des extraterrestres, des voyageurs temporels et des médiums, et le lycéen ordinaire Kyon ne fait pas exception. Sa vision banale de la réalité est brisée dès le premier jour d'école lorsqu'il croise le chemin d'Haruhi Suzumiya, une fille déterminée à bouleverser son existence. Lors des présentations en classe, Haruhi exprime haut et fort son mépris pour les individus ordinaires et son ardent désir de rencontrer le surnaturel. Constatant l'absence d'un club scolaire dédié aux phénomènes paranormaux, elle fonde impulsivement la Brigade qui répand la joie dans le monde entier avec Haruhi Suzumiya, communément appelée la SOS Brigade. Haruhi recrute ensuite Kyon ainsi que trois autres élèves : Yuki Nagato, stoïque et passionnée de lecture ; Mikuru Asahina, une aînée timide ; et Itsuki Koizumi, toujours souriant. Bien qu'ils paraissent ordinaires, chaque membre cache des secrets liés à la nature excentrique de Haruhi. Entraîné dans son univers chaotique, Kyon accompagne la SOS Brigade dans diverses aventures qui révèlent peu à peu la véritable identité de leur leader énigmatique.