Iwatobi High School Swimming Club

Un an s'est écoulé depuis la création du club de natation du lycée Iwatobi, mais aucun nouveau membre ne l'a rejoint. Alors que Haruka Nanase et Makoto Tachibana sont maintenant en dernière année, accompagnés de leurs jeunes camarades Nagisa Hazuki et Rei Ryuugazaki, ils doivent trouver un moyen de recruter de nouveaux membres. Sinon, le club sera dissous l'année suivante faute d'effectifs suffisants. En même temps, l'obtention du diplôme approche, obligeant les élèves de dernière année à décider de leur avenir. Contrairement à leur camarade Rin Matsuoka, à qui le poste de capitaine du club de natation de l'Académie Samezuka a récemment été confié et qui souhaite fermement faire de la natation son métier, Haruka et Makoto ne savent pas encore quel chemin choisir. Des complications supplémentaires surviennent lorsque l'ancien ami de Rin, Sousuke Yamazaki, emménage en ville pour fréquenter l'Académie Samezuka. L'arrivée de ce nageur récemment recruté crée des tensions dans les relations entre lui, Rin et Haruka.

Haruka Nanase éprouve une affection profonde pour l'eau et un désir ardent de nager. Durant leur scolarité primaire, il a formé une équipe avec ses trois amis—Rin Matsuoka, Nagisa Hazuki et Makoto Tachibana—pour remporter une course de relais. Suite à cette victoire, les quatre ont emprunté des chemins distincts. Des années plus tard, ils se retrouvent au lycée, bien que Rin ne soit pas désireux de renouer avec leur ancien lien. Fréquentant un autre établissement scolaire, il souhaite uniquement prouver qu'il est un nageur supérieur à Haruka. Après une confrontation tendue, Haruka, Nagisa et Makoto fondent le Iwatobi High School Swim Club, mais ils manquent d'un quatrième membre pour participer au prochain tournoi. Nagisa recrute alors Rei Ryuugazaki, un ancien athlète de piste, pour combler ce poste. Alors que la compétition se rapproche, les quatre se serrent les coudes grâce à un entraînement intensif, avec pour objectif de gagner l'épreuve et de régler une bonne fois pour toutes la rivalité entre Haruka et Rin.