En l'an 2089, quatre-vingts ans se sont écoulés depuis que la guerre spatiale I a transformé la vie de l'humanité et des Zentraedi. Les deux races coexistent pacifiquement sur Terre lorsqu'une nouvelle espèce extraterrestre, les Marduk, émerge dans le système solaire. Alors qu'il couvre l'affrontement initial entre l'U.N. Spacy et la flotte Marduk, Hibiki Kanzaki, journaliste stagiaire du SNN, rencontre Ishtar, une « Emulator » qui amplifie les capacités de combat des Marduk par le chant. Hibiki emmène Ishtar sur Terre pour lui faire découvrir les concepts de vie et de culture. Aux côtés de la pilote de Valkyrie d'élite Silvie Gena, Hibiki et Ishtar doivent chercher un moyen d'empêcher l'anéantissement total de la Terre par le leader Marduk Ingues.
