À Edoropolis, d'innombrables animaux mécaniques vivent en harmonie. Mais lorsque Lord Wanko découvre que le conseiller principal du shogun, Lord Korn, complote pour prendre le contrôle du gouvernement, il sait qu'il faut agir pour maintenir la paix. Pour arrêter Korn, Wanko crée les Nyankees – un groupe de ninjas d'élite dirigé par Yattarou, qui fait preuve d'un grand courage et manie la lame mystique Masamasa. Avec une telle puissance, les Nyankees semblent imparables. Pourtant, les conspirations de Korn ne sont pas leur seul souci. Opérant en secret depuis le restaurant Pizza Cats, les Nyankees doivent dissimuler leurs activités tout en livrant des pizzas chaudes et de la justice.
