Après une série d'agressions qui ont vidé de leur énergie magique enseignants et élèves, Liza Quillyn, directrice du Collège, choisit de verrouiller ce dernier, rendant impossible toute entrée ou sortie des lieux. Cela empêche Philomela Sargant d'obéir à l'ordre de sa grand-mère Lizbeth de quitter l'école.
Coincés à l'intérieur du Collège, Chise Hatori et ses camarades commencent à s'adapter à leur situation inhabituelle et tendue. Cependant, au fil des jours, l'état de Philomela se détériore encore, tant mentalement que physiquement. Parallèlement, davantage de détails sur le douloureux passé de la colocataire de Chise, Lucy Webster, sont révélés. Alors que Chise lutte avec ses inquiétudes pour ses amis et pour sa propre transformation, la véritable identité du mystérieux responsable des drainages de magie qui hante le Collège pourrait enfin être révélée.