Après avoir partagé une conversation nocturne sincère avec son frère, la lycéenne Arisa Minase se réveille et se retrouve dans un monde inconnu. On l'accueille en tant qu'Alice par un duo de jumeaux appelés Light et Shadow, qui expriment leur joie qu'elle soit enfin rentrée à la maison. Malgré l'insistance d'Arisa sur le fait qu'elle n'est pas la personne qu'ils croient, les étranges habitants de ce royaume restent convaincus du contraire.
Quand elle rencontre le doux et énigmatique Black Rabbit, Arisa apprend qu'elle est piégée dans un lieu appelé Wonderland sans aucun moyen apparent de sortir. Alors qu'elle commence à s'adapter à son nouvel environnement, elle découvre une variété d'êtres particuliers, dont l'affectueux Cheshire Cat et le loir paresseux nommé Round.
Cependant, Wonderland recèle des mystères plus profonds. Chacune des personnalités excentriques avec lesquelles elle vit maintenant ressemble étrangement à quelqu'un qu'elle connaissait dans sa vie précédente, mais aucune d'elles ne reconnaît leurs anciens noms ou relations. Encore plus déroutant, le temps à Wonderland semble figé — chaque jour est identique au précédent. Il semble n'y avoir aucune fin à cette boucle, au-delà de tous les secrets que le Black Rabbit cache.
