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L'histoire se déroule deux ans après le dernier épisode de la série télévisée. Sonia Summers, détective, poursuit Bem et les autres. Elle rencontre Belo, qui combat seul une organisation obscure. Il l'emmène voir Bem, mais Bem a perdu tous ses souvenirs et vit en ville en tant qu'employé normal — du moins, c'est ce qu'il croit être.

En A.G. 101, la 101e année du calendrier Advanced Generation, une force mystérieuse appelée « UE » (Unknown Enemy) attaque et détruit la colonie spatiale Angel. Cet événement dévastateur devient connu sous le nom de « The Day the Angel Fell » et marque le début de la lutte de l'humanité pour sa survie. L'histoire reprend en A.G. 108 lorsque l'UE frappe la colonie spatiale Ovan, où réside Flit Asuno avec sa mère. La mère de Flit est tuée lors de l'attaque, et dans ses possessions — un objet appelé « AGE Device » — il découvre les schémas d'une arme légendaire du passé : l'ancien sauveur appelé « Gundam ». Grâce à ces plans, Flit consacre les années suivantes à étudier l'ingénierie dans une base de la Fédération Terrestre située sur la colonie spatiale Nora, où il conçoit l'AGE-1 Gundam. Sept ans plus tard, en A.G. 115, Flit termine le Gundam alors que l'UE lance un assaut sur Nora. Le combat de Flit et de sa lignée pilotant l'AGE-1 pour défendre l'humanité est sur le point de commencer.

Inclus dans l'édition limitée du volume 16, cet épisode spécial présente un scénario original dans lequel Fumino, Mafuyu, Uruka, Rizu et Asumi participent à une cérémonie de mariage.

Cet épisode couvre les chapitres 48 et 49, détaillant le rendez-vous simulé de Yuiga et Asumi, ainsi qu'un incident où Yuiga croise son professeur, Mafuyu Kirisu, après qu'elle a égaré par inadvertance le haut de son maillot de bain.

Grâce aux conseils dévoués de Nariyuki Yuiga, ses camarades Rizu Ogata, Fumino Furuhashi et Uruka Takemoto obtiennent enfin des notes moyennes dans leurs matières les plus faibles. Cependant, le temps presse, et les trois génies de l'académie Ichinose ont encore un long chemin à parcourir avant d'être prêts pour les examens d'entrée à l'université qui les attendent. Pendant ce temps, les filles continuent de lutter pour concilier leurs rêves et leurs sentiments grandissants envers leur tuteur qui ne se rend compte de rien. Elles sont rejointes par Mafuyu Kirisu, une enseignante aux convictions fermes sur l'éducation et les capacités naturelles, en raison de son passé de prometteuse patineuse artistique, et par Asumi Kominami, une diplômée de l'école qui vise une université de médecine nationale. Avec ces deux ajouts, le groupe de six devient plus animé que jamais. Totalement emporté par des pitreries hilarantes aux côtés de ses nouveaux amis, Yuiga découvre que sa dernière année de lycée implique désormais bien plus que simplement assister aux cours et étudier.

Nariyuki Yuiga, lycéen de troisième année issu d'un milieu modeste, s'efforce sans relâche d'obtenir la prestigieuse bourse VIP qui couvrirait l'intégralité de ses frais universitaires. Le directeur, reconnaissant ses efforts, lui accorde cette bourse sous une condition : il doit dispenser des cours particuliers aux meilleurs élèves de l'école dans leurs matières en difficulté. Ses élèves sont Rizu Ogata, prodige des mathématiques qui vise un diplôme en lettres ; Fumino Furuhashi, génie littéraire souhaitant se réorienter vers les sciences ; et Uruka Takemoto, son amie d'enfance et sportive en difficulté dans toutes les matières. Dans We Never Learn, Yuiga se retrouve au cœur de situations étranges et comiques alors qu'il tente de guider ces trois étudiantes excentriques. Puisque les ambitions d'Ogata et Furuhashi contredisent leurs aptitudes naturelles, Yuiga doit déterminer s'il parviendra à les aider à atteindre leurs objectifs.

Après avoir affronté Magia Lupus, le secret de Mash Burnedead concernant son absence de magie est dévoilé. La joie éphémère de sa victoire est brutalement stoppée lorsque le Bureau of Magic se réunit devant les Divine Visionaries, qui prononcent à l'unanimité sa condamnation à mort. Avant que l'exécution ne soit menée à bien, l'organisation sinistre Innocent Zero s'empare de la procédure, exigeant que Mash reste en vie. Bien que Mash prouve sa capacité à se mesurer à Innocent Zero, la sentence de mort demeure inchangée. Heureusement, le Divine Visionary Rayne Ames et le directeur Wahlberg Baigan interviennent en sa faveur, réussissant à suspendre l'exécution jusqu'à l'élimination de l'organisation de l'ombre. Mash obtient le droit de vivre à la condition expresse de devenir un candidat Divine Visionary avant la fin de l'année.

Quand un camarade de classe lui propose de tester Darwin's Game, une application mobile mystérieuse, la curiosité pousse Kaname Sudou, lycéen, à l'installer. Dès le lancement du programme, un serpent numérique vert jaillit de l'écran pour mordre son cou, le plongeant dans l'inconscience. Il reprend ses esprits à l'infirmerie scolaire, indemne de toute blessure visible, et, après avoir reçu l'ordre de se reposer, il interprète l'incident comme une hallucination avant de regagner son domicile. Cependant, incapable de contenir son intérêt, Kaname rouvre l'application. Ce qui semblait être un jeu de combat standard bascule vers l'horreur lorsque son adversaire virtuel se matérialise dans le monde réel pour l'attaquer avec une lame. En fuyant pour sauver sa vie, Kaname comprend que Darwin's Game n'est pas un simple divertissement, mais un battle royale mortel.