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Le Monde Bleu, représentant la raison, subit des assauts incessants des Nightfly O'Note — des créatures nées du Monde Rouge, qui incarne l'instinct. Akira Asagi, une chercheuse de 17 ans originaire du Monde Bleu, est choisie pour diriger l'effort de guerre à Ryuukyuu LAG, une fière forteresse défensive sur les îles d'Ishigaki et d'Iriomote. Là-bas, elle rencontre la sixième unité de combat « IS », formée quatre ans après l'anéantissement de la cinquième unité lors d'une bataille brutale. Akira doit guider ces six riders — connus sous le nom de Scared Rider Xechs — pour combattre le monde adverse tout en favorisant les liens entre eux.

L'Empire Sablum cherche depuis longtemps à conquérir le royaume de Windland, et il conspire désormais avec les mercenaires Sœur Enfer et le Chevalier des Ténèbres pour lancer un nouvel assaut en utilisant de puissantes entités magiques appelées Anges. Hyaweh, un épéiste insouciant mais talentueux, et Priecia, qui pourrait être la princesse perdue de Windland, s'inscrivent à l'Académie des Chevaliers de Windland pour perfectionner leurs compétences en escrime et en sorcellerie. Là-bas, ils rencontrent de nombreux amis et alliés qui peuvent les aider à défendre leur patrie contre l'invasion imminente.

Lorsqu'il était jeune, Yuu Kusaka a fait un vœu sur une étoile filante : se battre pour la justice et protéger les plus faibles. Après la mort d'un de ses amis, cependant, il a perdu la volonté d'honorer cette promesse. Au lieu d'utiliser son mystérieux pouvoir pour aider ceux qui en ont besoin, il l'exploite pour gagner de l'argent, ignorant la souffrance qui l'entoure. Sa vie égoïste se poursuit jusqu'à ce qu'il soit forcé de se battre pour survivre contre un autre camarade de classe doté de pouvoirs similaires. Il est sauvé par Eimu Yoake, une mystérieuse fille qui possède également d'étranges capacités. Eimu lui révèle que son pouvoir provient d'un Ayakashi — une créature parasitaire qui confère à son hôte des capacités spéciales tout en drainant progressivement son énergie vitale. Elle l'aide à éveiller complètement son propre Ayakashi. Maintenant conscient de l'être qui vit en lui, Yuu doit être à la hauteur de son serment d'enfance en utilisant son Ayakashi pour protéger les autres et combattre ceux qui utilisent le leur pour le mal, tout en découvrant la vérité derrière la mort de son ami.

Une vague de meurtres horribles connue sous le nom de « New Generation Madness » a autrefois semé la panique généralisée à travers Shibuya. Au plus fort du chaos, alors qu'une violente émeute faisait rage, un tremblement de terre soudain a réduit le quartier en décombres tandis que les zones voisines restaient étrangement intactes. Six ans plus tard, dans le Shibuya récemment reconstruit, d'étranges morts refont surface. Il ne faut pas longtemps à Takuru Miyashiro, un élève de troisième année, pour remarquer une tendance : les dates de ces récents meurtres correspondent à celles des incidents du New Generation Madness. Accompagné de quelques membres du club de journal de son lycée, il décide d'enquêter plus avant sur le mystère—pour finir piégé au beau milieu d'une nouvelle scène de crime.

Dans la paisible ville de Sakuranomori, un cercle proche d'amis d'enfance doit dire au revoir à l'un des leurs. En raison du travail de ses parents, Sana Hidaka est contraint de quitter sa paisible ville natale pour la ville animée de Tokyo. Bien que cela lui brise le cœur, il se sépare de ses précieux compagnons — le doux Aoi Oribe, les jumeaux énergiques Wakatsuki Shuri et Shuusuke, et la lumineuse et joyeuse Nanaka Yatsushiro. Même en déménageant à contrecœur, il garde l'espoir que la distance n'effacera jamais le lien et les souvenirs qu'ils partagent. Cinq ans plus tard, devenu un lycéen de seize ans, Sana retourne à Sakuranomori dans l'espoir de reprendre là où il s'était arrêté. Mais il découvre bientôt que si la ville elle-même a peu changé, les amis qu'il a laissés derrière lui ne sont plus les mêmes personnes dont il se souvient. De sombres et troublants secrets pèsent désormais sur la ville, et chacun de ses amis porte des fardeaux et des vérités cachées qui menacent de briser les liens qu'ils tenaient autrefois pour acquis.