Depuis trois ans, le collège Teikou règne en maître sur la scène nationale du basketball grâce à sa formation légendaire, la « Génération des Miracles ». Cette équipe comptait cinq prodiges d'une excellence rare, mais un « Sixième Homme Fantôme » évoluant dans l'ombre a également grandement contribué à leur renom vénéré. Finalement, leur progression monstrueuse les a lassés du sport qu'ils chérissaient, les poussant à se séparer pour intégrer des lycées différents.
L'équipe de basketball du lycée Seirin, à la recherche de nouveaux talents, recrute Taiga Kagami et Tetsuya Kuroko, deux élèves de première année aux capacités apparemment opposées. Récemment rentré d'Amérique, Kagami allie un don naturel à un amour inébranlable pour le jeu. En revanche, Kuroko semble dépourvu de présence et ne fait preuve d'aucun talent athlétique exceptionnel. Pourtant, il est révélé qu'il est le Sixième Homme Fantôme de Teikou, l'ancien membre de la Génération des Miracles.
Kuroko souhaite démontrer à Seirin sa propre forme de force. Touché par cette conviction, Kagami forme avec lui un partenariat dynamique, où Kuroko s'engage à soutenir la « lumière » de Kagami en tant que son « ombre ». Aux côtés de leurs nouveaux coéquipiers, ils visent la victoire au prochain championnat Interhigh, bien que le retour des anciens camarades de Kuroko vienne compliquer leurs projets.