Fuu Kasumi, une jeune serveuse maladroite, passe ses journées à travailler paisiblement dans un petit salon de thé. Tout change lorsqu'elle renverse accidentellement une boisson sur un client. Un groupe de samouraïs commence à la harceler, et elle appelle désespérément un autre samouraï présent dans l'établissement, Mugen, qui les bat rapidement avec son style de combat sauvage, mêlant des mouvements rappelant le breakdance. Malheureusement, Mugen provoque ensuite en duel le ronin réticent Jin, qui manie une technique de sabre plus précise et traditionnelle, et Jin se révèle être un adversaire redoutable. Le problème, c'est qu'ils détruisent tout le magasin et tuent accidentellement le fils du magistrat local dans l'opération.
Pour leur crime, les deux samouraïs sont capturés et condamnés à être exécutés. Cependant, Fuu les sauve et les engage comme gardes du corps. Bien qu'elle n'ait nulle part où retourner, l'ancienne serveuse souhaite trouver un certain samouraï qui sent le tournesol et sollicite l'aide du duo désormais innocenté. Malgré une réticence initiale, les deux finissent par accepter d'aider la fille dans sa quête. Ainsi, tous trois se lancent dans une aventure pour trouver ce mystérieux guerrier — à condition que Fuu parvienne à empêcher Mugen et Jin de s'entretuer.
Situé dans une période Edo alternative du Japon, Samurai Champloo suit le voyage de ces trois individus excentriques dans une quête épique pleine d'action, de comédie et de combats de sabre dynamiques, le tout rythmé par une bande-son unique imprégnée de hip-hop.
