Junjou Romantica entrelace les histoires de trois couples alors qu'ils se lancent chacun dans leur propre romance « au cœur pur ».
Dans Junjou Romantica, le candidat aux examens universitaires Misaki Takahashi et son tuteur, le célèbre romancier Akihiko Usami, entretiennent une relation tendue. Sans Takahiro—le frère aîné chéri de Misaki et le meilleur ami d'Usami—les deux ne se seraient jamais rencontrés. Mais quand Misaki découvre un roman de boy's love explicitement sexuel avec des personnages étrangement similaires à Usami et Takahiro—clairement écrit par Usami—ses doutes sur les intentions cachées de cet homme envers son frère sont confirmés. Après une violente dispute, Misaki et Usami acceptent un cessez-le-feu. Jusqu'à ce que Takahiro leur rende visite avec sa nouvelle fiancée ! Misaki devrait être ravi, mais alors qu'Usami offre calmement ses félicitations, pourquoi Misaki ressent-il cette colère familière envers son frère ?
Junjou Egoist suit Hiroki Kamijou qui, ayant la gueule de bois et le cœur brisé par un amour non réciproque, pleure sur un banc de parc quand il évite de justesse d'être frappé par une petite fusée. Le propriétaire de la fusée, Nowaki Kusama, voit ses larmes et refuse de le laisser seul, finissant par convaincre Kamijou de lui donner des cours pour son examen d'équivalence du secondaire. Mais quand le sujet de l'affection non retournée de Kamijou se présente à sa porte, Nowaki revendique Kamijou pour lui-même et avoue ses propres sentiments. Comment Kamijou, orgueilleux, va-t-il gérer cette « tempête » menaçant de le noyer, lui et son cœur, dans l'amour ?
Dans Junjou Terrorist, Shinobu Takatsuki croit que le destin l'a réuni avec You Miyagi, qui l'a sauvé d'une extorsion trois ans plus tôt. Les choses se sont compliquées quand ils sont devenus beaux-frères—Miyagi a épousé la sœur aînée de Shinobu—donc l'annonce de leur divorce donne à Shinobu l'occasion idéale d'être enfin avec son héros. Cependant, Miyagi n'apprécie pas les avances de ce « terroriste » bien trop jeune qui ignore leur différence d'âge et leur histoire compliquée. Il essaie de lui faire peur, mais Miyagi sous-estime à quel point Shinobu est déterminé et comment il surmontera tous les obstacles pour leur « amour fatal ».