Trois lycéennes — la passionnée Hikaru Shidou, la fière Umi Ryuuzaki et la douce Fuu Hououji — se rencontrent pour la première fois à la Tokyo Tower. Elles entendent un appel à l'aide désespéré et sont soudainement tirées dans un autre monde. Là, elles sont accueillies par Guru Clef, un homme qui paraît remarquablement jeune, qui leur annonce qu'elles sont les légendaires Magic Knights invoquées par la princesse Emeraude pour sauver le royaume magique de Cephiro.
Hikaru est ravie de l'aventure, mais Umi et Fuu veulent juste rentrer chez elles. Clef explique que le retour est impossible tant qu'elles n'ont pas sauvé Cephiro et chassé les monstres qui le menacent. Pour ce faire, elles doivent libérer la princesse Emeraude des griffes du puissant seigneur Zagato. Et pour avoir une chance contre lui, elles doivent éveiller des êtres mystérieux appelés Rune Gods.
Après que Clef leur a octroyé armure et magie, un des serviteurs de Zagato attaque, obligeant le guru à envoyer les filles chez Presea, forgeron, et Mokona, guide ressemblant à un lapin, qui les prépareront pour leur quête. Bien que la route soit longue, Hikaru, Umi et Fuu sont déterminées à prouver qu'elles méritent le titre de Magic Knights et à apporter le salut à Cephiro.