Anxieux face à l'avenir, Ryouhei Arisu, lycéen, s'évade fréquemment de la vie quotidienne. Après avoir passé du temps dans un bar, Arisu et ses amis les plus proches, Daikichi Karube et Chouta Segawa, attendent le premier train du matin. Soudain, une série de feux d'artifice spectaculaires éclate dans le ciel, et un feu d'artifice immense et aveuglant les assomme.
Le trio se réveille dans le bar, couvert de poussière, et découvre que la ville s'est transformée en un désert désolé. Plutôt que de s'inquiéter, Arisu se sent enfin vivant pour la première fois de sa vie et savoure la liberté de cette ville vide. Cependant, sa joie est interrompue lorsque le groupe pénètre imprudemment dans une enceinte de festival. Voyant sa nourriture et son atmosphère festive, ils supposent qu'il s'agit d'un rêve – sans se douter que cela deviendra le théâtre de leur premier jeu mortel.
Aux côtés de ses amis, Arisu s'aventure progressivement dans le mystérieux royaume appelé le Borderland – un territoire inconnu où chaque jeu met leur vie en danger, et où la moindre erreur peut entraîner leur mort.