Six ans plus tôt, Kamui Shirou et ses proches compagnons d'enfance, Fuuma et Kotori Monou, étaient inséparables. Après la mort soudaine et brutale de la mère des frères et sœur Monou, la propre mère de Kamui l'emmena loin de Tokyo. Pendant les années d'absence, les deux frères et sœur vécurent tranquillement tandis que Kamui perfectionnait ses capacités télékinésiques naturelles. Lorsque sa mère décède en 1999, sa dernière volonté le pousse à retourner à Tokyo et à affronter ce qu'elle appelle son « destin ».
À son retour dans la ville, l'attitude de Kamui a radicalement changé, et il démontre l'étendue de ses pouvoirs lors d'escarmouches violentes dans les rues. De nombreux challengers l'approchent, lui demandant s'il est « Kamui », mais ils semblent chercher quelque chose de bien plus conséquent que sa simple identité. Ces combattants appartiennent à deux factions opposées — les Dragons du Ciel et les Dragons de la Terre — chacune désireuse de l'enrôler dans sa cause. En rassemblant des indices sur le catastrophique « jour promis », Kamui comprend que le destin du monde repose sur lui. Selon le groupe de Dragons auquel il se range, il pourrait soit protéger le monde, soit causer sa destruction.