Au Japon, les ninjas étaient traditionnellement réputés pour leur loyauté indéfectible envers leurs maîtres, mais de nos jours, le lycéen Rekka Hanabishi — qui se proclame lui-même ninja — peine à perpétuer cet héritage. Tout change lorsqu'il sauve une douce fille nommée Yanagi Sakoshita des griffes d'un groupe de voyous.
Après cet incident, Rekka décide que Yanagi est digne d'être sa maîtresse et jure de la protéger. En gage de leur lien, ils se révèlent leurs secrets les plus profonds : Yanagi possède la capacité de guérir rapidement les blessures, tandis que Rekka peut invoquer des flammes d'un simple claquement de doigts. Mais cet échange ne passe pas inaperçu. Une mystérieuse femme nommée Kage Houshi apparaît, consciente de leurs pouvoirs, et les menace. Elle insiste pour que Rekka lui soit rendu, affirmant qu'il est le seul capable de la tuer.
Bien que le duo tienne bon, Kage Houshi s'éloigne calmement avant que la situation ne s'envenime. Pensant que le danger est passé, Rekka et Yanagi reprennent leur quotidien, ignorant qu'ils sont sur le point d'être entraînés dans une conspiration ninja vieille de plusieurs siècles qui mettra en péril leur propre vie et celle de leurs amis.