Alors que le siècle touche à sa fin, une voleuse fantôme connue sous le nom de Kaitou Jeanne, que l'on croit envoyée par Dieu, fait la une des journaux en volant des tableaux à travers la ville. Sa véritable identité est Maron Kusakabe, une lycéenne de seize ans à l'académie Momokuri, excellant en gymnastique rythmique — un secret qu'elle garde même pour sa meilleure amie Miyako Toudaiji, qui mène la traque policière de Jeanne.
Cachés dans les tableaux que Maron vole se trouvent des démons envoyés par le seigneur démon, qui cherche à affaiblir le pouvoir de Dieu en faisant prendre possession des cœurs humains par ses sbires. Avec l'aide de l'ange mineur Finn Fish, Maron, en tant que réincarnation de Jeanne d'Arc, doit endosser son alter ego, retrouver les œuvres maudites et sceller les démons maléfiques. Concilier cette mission avec sa vie lycéenne solitaire est déjà assez difficile, mais cela devient encore plus compliqué quand un mystérieux nouveau voleur fantôme du nom de Kaitou Sinbad fait son apparition.