La dernière chose dont Natsu Iwashimizu se souvient de sa famille, c'est d'avoir partagé ses plats préférés avec eux. Mais lorsqu'elle se réveille de ce rêve, elle se retrouve à bord d'un navire en train de couler, sauvée par trois inconnus : Arashi Aota, une personne au grand cœur au caractère vif ; Semimaru Asai, qui aime se moquer de la personnalité timide de Natsu ; et Botan Saotome, une femme capable qui semble comprendre ce qui se passe. Après s'être échappés, les quatre naviguent vers une île inhabitée.
Sans qu'ils le sachent, cette île mystérieuse est en réalité le Japon. Une météorite a frappé la Terre, anéantissant l'humanité et modifiant radicalement l'environnement. Pour relancer la population, le gouvernement a lancé le projet « 7 Seeds », divisant les personnes en cinq équipes — Printemps, Été A, Été B, Automne et Hiver — chacune composée de sept jeunes individus en bonne santé et d'un guide. Natsu et ses compagnons font partie de l'Été B, un groupe qualifié de marginaux sociaux.
Pour obtenir plus de ressources, le groupe doit localiser l'un des sept abris construits par le gouvernement. Dans un monde hostile et inconnu, sans leurs proches sur qui compter, les quatre doivent apprendre à coopérer s'ils veulent survivre.