Yuuta Okkotsu porte un lourd fardeau. Après la mort de son amie d'enfance Rika dans un accident de voiture, son esprit est resté lié à lui — n'étant plus la douce fille qu'il connaissait, mais une entité terrifiante et puissante qui le défend violemment. Incapable de contrôler les ravages de Rika, Yuuta ne peut que la regarder exercer une vengeance brutale, laissant une traînée de sang. Lorsqu'il est pris en charge par les exorcistes — les gardiens secrets du monde entraînés à combattre des menaces comme Rika — Yuuta ne souhaite que l'isolement pour que personne d'autre ne soit blessé.
Cependant, le maître exorciste qui le capture, Satoru Gojou, a une idée différente : Yuuta s'inscrira au lycée d'exorcisme de Tokyo pour apprendre à contrôler Rika afin d'aider les autres. En tant qu'élève de première année, Yuuta commence à étudier les arts du Jujutsu et à combattre des êtres maléfiques. Avec ses camarades de classe Maki Zenin, spécialiste des armes maudites, Toge Inumaki, incanteur dont les paroles sont des armes, et Panda, un ours panda qui marche et parle, Yuuta trouve peu à peu sa place dans le monde et, pour la première fois, se sent à l'aise avec ses capacités. Mais au fil de son entraînement, Yuuta découvre que les dangers du monde du Jujutsu dépassent de loin les simples esprits maléfiques.