Un dieu mineur sans fidèles, le Dieu livreur Yato, accepte de petits boulots pour seulement cinq yens, espérant économiser assez d'argent pour un jour s'offrir un sanctuaire. En plus de son anonymat, il fait face à un autre problème : son Shinki — son partenaire arme — démissionne, fatigué de servir un dieu sans abri. Sans arme, Yato continue d'accepter des missions à la recherche d'un nouveau partenaire.
Alors qu'il colle des affiches pour un chat perdu, Yato aperçoit le chat et le poursuit, courant directement sur la trajectoire d'un véhicule arrivant en sens inverse. Une jeune fille à proximité, Hiyori Iki, le pousse hors de la voie et se blesse. En se réveillant à l'hôpital, elle réalise que l'accident a projeté son âme hors de son corps. Conscient que ses actions ont causé cela, Yato promet de rendre Hiyori à la normale — pour cinq yens, bien sûr. Mais pour résoudre son état, il a besoin d'un nouveau Shinki, qu'il trouve en l'esprit rebelle Yukine.
Noragami suit une jeune fille marchant à la frontière entre deux mondes et la quête d'un dieu errant pour un endroit qu'il puisse appeler sien.