Des créatures monstrueuses ressemblant à Godzilla, appelées « kaijuu », ravagent le Japon depuis des années. Pour les combattre, une force militaire d'élite nommée le Corps de Défense risque chaque jour sa vie pour protéger les civils. Après la mise à mort d'un kaijuu, des « nettoyeurs » de la Professional Kaijuu Cleaner Corporation s'occupent de l'élimination de ses restes.
Kafka Hibino, un homme de 32 ans, se sent insatisfait dans son travail de nettoyeur. Depuis l'enfance, il rêvait d'intégrer le Corps de Défense et de tuer des kaijuu pour vivre. Mais après plusieurs échecs, il a abandonné cette ambition et s'est contenté d'un salaire stable. Puis Reno Ichikawa, une recrue de 18 ans très motivée, rejoint son équipe de nettoyage, rappelant à Kafka son ancien rêve.
Une série de malchances et une rencontre avec la jeune recrue conduisent Kafka à un kaijuu de type parasite qui s'introduit de force par sa bouche, le transformant en monstre humanoïde. Avec ses nouveaux pouvoirs, Kafka décide de tenter une dernière fois de réaliser son rêve de toujours.