Une adolescente possède les « Yeux de la perception de la mort », un pouvoir surnaturel qui lui permet de voir la « mort » inhérente à toutes choses et de détruire un objet en tranchant son « origine ». Elle vient de sortir d'un coma de deux ans provoqué par un accident de voiture. Avant l'accident, elle avait deux personnalités : une personnalité masculine appelée Shiki (織) et la personnalité féminine originelle, également nommée Shiki (式). Les enfants nés dans la famille Ryougi sont normalement de sexe masculin et sont élevés avec deux personnalités, si bien que la personnalité masculine est traditionnellement désignée comme la personnalité « yang » et la féminine comme la personnalité « yin ». On peut déterminer quel Shiki parle à un moment donné par leurs schémas de discours distincts – notamment, le Shiki féminin utilise le pronom watashi (私), tandis que le Shiki masculin utilise ore (俺). Après avoir émergé de son coma, Shiki constate qu'elle ne perçoit plus la présence du Shiki masculin et croit qu'il est mort dans l'accident. Elle se sent également déconnectée de ses souvenirs d'avant l'accident ; bien qu'elle sache qu'elle est Shiki, elle n'a pas l'impression de l'être. Pour tenter de se retrouver elle-même et le Shiki « mort », elle adopte une façade froide qui ressemble à l'attitude du Shiki masculin et essaie de se comporter comme le Shiki féminin le faisait autrefois. Touko comprend le sentiment de détachement que Shiki éprouve, mais considère le Shiki actuel comme une troisième personnalité, entièrement nouvelle.
La série se déroule dans le même univers qu'une autre œuvre de TYPE-MOON, Tsukihime. Touko Aozaki, sœur d'Aoko Aozaki, apparaît dans cette série, et la protagoniste, Shiki Ryougi, partage les mêmes capacités que le héros de Tsukihime, Shiki Tohno.