Dans un monde où les Pokémon coexistent et communiquent, des artefacts légendaires appelés Time Gears préservent le flux du temps dans leurs régions respectives. Retirer un Time Gear de son emplacement fige le temps dans cette zone, de sorte que même les Pokémon malveillants évitent de les voler. Récemment, cependant, des anomalies temporelles se sont répandues à travers le monde, provoquant l'apparition de Mystery Dungeons et rendant les Pokémon violents. Des équipes d'exploration composées de Pokémon se sont formées pour enquêter sur ces donjons, capturer les Pokémon agressifs et rétablir l'ordre.
Les perturbations temporelles ne sont pas dues au récent vol des Time Gears, mais plutôt à l'effondrement progressif de la Tour Temporelle et à la transformation de Dialga en Dark Dialga. Juptile, célèbre pour ses vols, a dérobé les Time Gears pour les apporter à la Tour Temporelle et stopper sa dégradation. L'équipe d'exploration Team Pokédans, composée de Hikozaru et d'un Pochama autrefois humain, doit s'allier à Juptile pour se rendre à la Terre Fantôme où se dresse la Tour Temporelle. Si le trio échoue, la tour s'effondrera complètement, laissant le monde entier figé dans le temps à jamais.