Les Sept Mystères, omniprésents dans de nombreuses écoles, constituent un pilier des légendes urbaines japonaises. Parmi ces récits, l'histoire de Hanako-san, le fantôme d'une jeune fille hantant les toilettes, demeure particulièrement célèbre. L'Académie Kamome possède sa propre version de cette légende. Selon les rumeurs, quiconque parviendrait à invoquer Hanako-san verrait son vœu exaucé. Attirés par ces bruits, beaucoup ont tenté l'expérience, mais chaque tentative s'est soldée par un échec. Lorsque Nene Yashiro, une fille en quête d'amour, ose invoquer Hanako-san, elle découvre que la présumée « fille » est en réalité un garçon ! Après une série de mésaventures liées aux désirs romantiques de Yashiro, elle est entraînée malgré elle dans le monde surnaturel, devenant l'assistante de Hanako-kun. Bientôt, elle apprend son devoir moins connu : préserver le fragile équilibre entre humains et esprits.