Une étrange occurrence se produit dans le Cosmos. Après leur victoire sur Faust et le Spiral Core, Ginga et ses amis sauvent un garçon nommé Yuki d'un mystérieux jeune homme appelé Johannes. Bien que Yuki soit un garçon prodige et astronome, c'est aussi un Blader qui possède Anubius. Yuki informe Ginga et ses amis de la voix du Fragment d'Étoile. Il a vu un Fragment d'Étoile, qui est une météorite, tomber du ciel un jour. Cette unique lumière réside à l'intérieur d'Anubius, et il prétend avoir entendu la voix du Fragment d'Étoile cette nuit-là. Un grand mal cherche à raviver le Soleil Noir et Nemesis, le dieu de la destruction, en utilisant le pouvoir inconnu du Fragment d'Étoile pour détruire le monde. Ginga et ses amis doivent de nouveau combattre, même en maîtrisant leurs nouvelles beyblades du système 4D. La numérotation des épisodes continue à partir du 103. Les épisodes 103 à 128 durent une demi-heure, tandis que les épisodes 129 à 154 durent un quart d'heure. Ces derniers sont diffusés en anglais sous forme de 13 épisodes d'une demi-heure, avec deux épisodes japonais combinés pour chaque épisode anglais.