Après un attentat terroriste ciblant une centrale nucléaire japonaise, seul le mot « VON », peint en rouge, demeure sur place. Le gouvernement, paralysé par son impuissance, laisse les forces de l'ordre chercher désespérément les responsables tandis que le public reste dans l'ignorance. Six mois plus tard, une vidéo mystérieuse apparaît en ligne : deux adolescents se nommant « Sphinx » y lancent un défi direct à la police, menaçant Tokyo de chaos et de destruction. Alors que la panique s'étend et que les pistes s'épuisent, les autorités peinent à organiser une réponse efficace, le détective Kenjirou Shibazaki se retrouvant au cœur de la tourmente. Zankyou no Terror suit Nine et Twelve, les deux garçons derrière les masques de Sphinx. Bien qu'ils ne soient pas censés exister, ils restent déterminés dans un monde tissé de mensonges et de secrets, pliant la ville à leur volonté tout en cherchant à enterrer leur passé tragique.