Yuuji Kaidou, souffrant d'une maladie incurable, choisit d'entrer en cryogénie dans l'espoir d'être guéri plus tard. Cependant, lorsqu'il se réveille, il se retrouve dans un monde envahi par des créatures monstrueuses qui se nourrissent d'humains. Il est sauvé in extremis par une escouade de soldats pilotant d'immenses mecha pour combattre ces bêtes.
Marlene Angel, qui dirige l'équipe, explique que la Terre a été envahie il y a des décennies par une race extraterrestre appelée BLUE, poussant l'humanité au bord de l'extinction. Submergé par cette réalité effroyable, Yuuji décide de rejoindre le combat contre les BLUE. Mais pour avoir un véritable impact dans la lutte pour la survie de l'humanité, il aura besoin bien plus que de simple volonté.