Lorsque Yun Arikawa et son partenaire Haberu Katou enquêtent sur une maison soi-disant hantée, ils découvrent par inadvertance un mystère qui engloutira bientôt la planète entière. En mesurant des ondes radio inhabituelles, ils sont contactés par Mei Kamino, qui poursuit des études supérieures sur le même signal et utilise l'équipement installé précédemment par leur entreprise. Après une nuit étrange, Yun reprend son travail à l'usine Ootaki, une firme technologique dédiée à la construction de Jet Jaguar, un robot imaginé par Gorou Ootaki, adepte des théories du complot. Cependant, lorsque des créatures volantes ressemblant à des dinosaures, connues sous le nom de Rodan, sont attirées par les signaux étranges, Jet Jaguar semble être la seule défense contre elles. Alors que Yun et Mei sondent l'apparition soudaine des Rodan, des monstres plus dangereux émergent de la mer accompagnés d'une mystérieuse poussière rouge.