L'invasion d'êtres extraterrestres connus sous le nom d'Amanto a plongé les samouraïs du Japon féodal dans un état de ruine et de désespoir. Dépouillés de leurs armes et de leur statut social, ils sont accueillis avec mépris et négligence alors que les Amanto dominent impitoyablement la nation. Dans un effort pour restaurer l'honneur des samouraïs, Kotarou Katsura, chef de la faction anti-étrangers, jure d'éliminer les Amanto, même si cela nécessite l'usage d'une violence extrême. Utilisant un immense mecha, il se prépare à lancer un assaut contre le Shinsengumi, un groupe de samouraïs d'élite chargés de maintenir l'ordre à Edo. Au même moment, Gintoki Sakata et ses compagnons de Yorozuya sortent pour profiter des cerisiers en fleurs, seulement pour être confrontés au Shinsengumi, qui accuse Gintoki d'avoir usurpé leur spot d'observation préféré. Cette dispute dégénère rapidement en une bagarre chaotique, que les deux factions résolvent finalement par un jeu de pierre-papier-ciseaux à enjeux élevés impliquant des tactiques étonnamment brutales.