Synopsis
Après que Leader X a apparemment été détruit pour de bon à la conclusion de Gatchaman II, un fragment survivant de lui grandit et se transforme en Z. Aux côtés du chef de la famille Egobossler, le comte Egobossler (et ses deux subordonnés Mechandol et Kempler), Z est déterminé à détruire la Terre et à cibler à nouveau la Science Ninja Team. Après la mort d'Anderson, le Dr Nambu devient le nouveau chef de l'ISO, tandis que l'équipe est confinée à la base sous-marine Gallatown (également appelée « G-Town »). L'ingénieur Kamo est présenté, et après que le New GodPhoenix est détruit tôt dans la série, l'équipe reçoit le nouveau Gatchaspartan comme mecha. Le Gatchaspartan possède également un mode spécial appelé Hypershoot, que seul Ken peut utiliser (avec sa nouvelle épée « Gatchafencer »). Au fur et à mesure que l'histoire progresse, il est révélé que l'exposition aux radiations due à l'utilisation fréquente de l'Hypershoot tue lentement Ken, et qu'une utilisation continue entraînerait la mort. Pendant ce temps, Z prévoit de détruire la Terre en utilisant un astéroïde d'antimatière nommé « Poison Apple ».