En 2199, la Terre est en ruines après une attaque brutale de l'Empire Gamilas. Les survivants se sont réfugiés sous terre pour éviter la plaine irradiée au-dessus, mais alors que les radiations mortelles avancent inexorablement, leur refuge devient intenable. Avec une extinction totale imminente d'ici un an, le désespoir remplace l'espoir. Tout effort précédent pour fuir ou riposter a été rapidement écrasé par les forces extraterrestres. Cependant, une transmission désespérée depuis la lointaine planète Iscandar, dans une galaxie voisine, offre une potentielle bouée de sauvetage. En secret, la Force d'autodéfense terrestre développe un moteur ultra-rapide pour le voyage. Le cuirassé de la Seconde Guerre mondiale Yamato est équipé d'armes avancées et manœuvré par un équipage courageux, se transformant en vaisseau de combat spatial Yamato. Ensemble, ils entreprennent un dangereux périple à travers le cosmos pour sauver l'humanité de sa perte imminente.