Par une chaude journée d'été, un jeune garçon entendit des cloches sonner, comme pour une célébration, depuis la montagne près de chez lui. Plusieurs années plus tard, sur cette même montagne, Ginko, mushishi, tombe sur une étrange fille d'où poussent des mauvaises herbes. Peu après, Ginko rencontre par hasard Yoshiro, désormais adulte, alors qu'il quitte la montagne. Avec l'aide de Yoshiro, Ginko commence peu à peu à découvrir l'identité de cette mystérieuse fille et ce qu'elle est devenue. Adaptation du dernier arc du manga, Mushishi Zoku Shou : Suzu no Shizuku relate le voyage inhabituel de Ginko dans l'occulte alors qu'il s'efforce de résoudre l'énigme de la mystérieuse fille nommée Kaya et de la montagne qui est devenue sa demeure.